In der noch immer im Umbau befindlichen Kirche predigte D. Martin Luther zu Ostern 1530. Statt eines großartigen Gewölbes war unter dem ungeheuren 5stöckigen Dachstuhl nur eine bemalte Bretterdecke eingezogen worden; erst 1541 wurde der Boden mit Steinplatten belegt. Für 200 Jahre blieb der Bau im Wesentlichen so liegen, wie ihn Cunz Krebs verlassen hatte; Veränderungen betrafen nur mehr die Einrichtung und Ausstattung des Inneren. Nach dem Beispiel des Weimarer Hofes verwandelte der junge Herzog Johann Casimir (1586 – 1633) die Hauptkirche des Landes in eine Grablege seines Hauses. Durch seinen Baumeister Peter Sengelaub lies er 1601 den Chor durch einen farbig gefassten „Fürstenstand“ von dem Gemeinderaum abtrennen; trockenen Fußes konnte er über einen gedeckten Gang vom Residenzschloss Ehrenburg aus das zu seiner Hofkirche gewordenen Gotteshaus betreten. Der Hochaltar am Chorende musste einem riesenhaften 12 m hohen Alabasterepitaph zum Angedenken an seine unglücklichen Eltern weichen, die hier nach 28jähriger Gefangenschaft ihre letzte Ruhe fanden. Vier mit Bronzeplatten bedeckte Steintumben standen nach Johann Casimirs Tode im Chor der noch lange nach dem 30jährigen Krieg arg verwilderten Kirche. Herzog Albrecht (1679 – 1699) lies sie 1687 entfernen und die Särge in einer dafür ausgehobenen Gruft beisetzten.